OSバージョンアップにて、アプリケーションやデータはそのまま残りますが、OSバージョンアップ後も使用可能かどうかはアプリケーションに依存します。
このため、OSバージョンアップを実行する前に、本体データのバックアップをお勧めいたします。あわせて重要な情報（ID/パスワードなど)についてもメモを取るなどして保管をしてください。

なお、各アプリケーションのデータ引き継ぎについては、アプリケーションの提供元にご確認ください。
プリインアプリにつきましては、以下をご参考にしてください。
　Q. OSバージョンアップをした時、引き継げない設定はありますか？