下記の手順で個別に着信履歴を削除することができます。

「電話アプリ」を起動→［通話履歴］→削除したい番号を長押し→［通話履歴から削除］を選択→「OK」、または、「電話アプリ」を起動→［通話履歴］→削除したい番号をタップ→［通話の詳細］→［通話履歴から削除］を選択→OK