ジュニアモード/あんしんフィルターのアプリ利用制限の設定は独立しており、別物となります。
ジュニアモード/あんしんフィルターどちらかでアプリの利用制限かけると、制限がかかります。制限した側からのみ制限解除可能です。

ジュニアモード/あんしんフィルター両方から制限かけた場合は、両方から制限解除しないと利用できません。

注意点としましては、ジュニアモードでアプリの利用制限した場合、あんしんフィルターの設定画面では、制限なしに見えます。逆も同様となります